Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara merupakan instansi vertikal dibawah koordinasi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Utara dan bertanggugjawab kepada Kepala Kantor Wilayah.
Letak Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara berkedudukan di daerah terujung dalam wilayah Provinsi Sulawesi Utara yang berbatasan dengan Provinsi Gorontalo.
Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara mempunyai fungsi menjalankan tugas Kementerian Agama di wilayah kerja dalam kabupaten Bolaang Mongondow Utara berdasarkan kebijakan Menteri Agama dan ketentuan peraturan perundang-undangan. Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara merupaka salah satu instansi vertikal yang membawahi 6 Kantor Urusan Agama dan 2 MTs N. Disamping itu juga membawahi 5 satuan kerja, diantaranya: Sub Bagia Tata Usaha, Bimbingan Masyarakat Islam dan Penyelenggara Zakat Wakaf, Pendidikan Islam, serta Penyelenggara Kristen.
Dalam melaksanakan tugasnya, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara dipimpin oleh serang Kepala Kantor Kementerian Agama yang bertugas menyelenggarakan urusan pemerintahan di Bidang Agama di Kabupaten Bolaang Mongondow Utara.
Adapun Tugas dan Fungsi Kementerian Agama adalah sebagai berikut: Tugas :
“Kementerian Agama mempunyai tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan
di bidang agaa untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan Negara”

Fungsi :
Dalam menjalankan tugasnya, Kementerian Agama menyelenggarakan fungsi:
1. Perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan di bidang bimbingan masyarakat Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Buddha, dan Konghucu, Penyelenggaran Haji dan Umrah, dan Pendidikan Agama dan Keagamaan;
2. Koordinasi pelaksaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi dilingkungan Kementerian Agama;
3. Pengelolaan barang milik/kekyaan Negara yang menjadi tanggung jawab Kementerian Agama;
4. Pengawasan atas pelaksanaan tugas dilingkungan Kementerian Agama;

5. Pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan Kementerian Agama di daerah;
6. Pelaksanaan kegiatan teknis dari pusat sampe ke daerah;
7. Pelaksanaan pendidikan, pelatihan, penelitian, dan pengembangan di bidang agama dan keagamaan;
8. Pelaksanaan penyelenggaraan jaminan produk halal; dan
9. Pelaksanaan dukungan substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian Agama.


Dalam pelaksanaan tugasnya, Kepala Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara dibantu oleh beberapa pimpinan Eselon IV tingkat Kabupaten/Kota, yaitu : Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Kepala Seksi Bimbingan Masyarakat Islam, Kepala Seksi Pendidikan Islam, Kepala penyelenggara Kristen, dan Kepala Penyelenggara Zakat dan Wakaf.

Sebagai instansi vertikal dibawah garis koordinasi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Utara, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara memiliki satuan kerja di 6 kecamatan yang terdiri dari: Kantor Urusan Agama Kecamatan Pinogaluman, Kecamatan Kaidipang, Kecamatan Bolangitang Barat, kecamatan Bolangitang Timur, Kecamatan Bintauna, dan Kecamatan Sangkub, serta 2 MTsN masing-masing yaitu: MTsN 1 Bolmut berlokasi di Kecamatan Bolangitang Timur, dan MTsN 2 Bolmut berlokasi di Kecamatan Kaidipang.

Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bolaang Mongondow Utara sejak terbentuknya pada tahun 2011 sampai sekarang telah dijabat oleh 4 orang. Adapun nama-nama Kepala Kantor yang pernah menjabat adalah sebagai berikut:
1. Tavip Pakaya, S.Ag, periode tahun 2011 s.d. 2012
2. Hi. Sulaeman Ambah, S.Ag, periode 2013 s.d. 2018
3. Drs. Amrah Lamarang, periode Agustus 2020 s.d. Oktober 2020
4. Basri Saenong, S.Ag, M.Pd, periode September 2021 s.d. Februari 2022
5. Idrus Sante, S.Ag, M.Pd, periode Februari 2022 s.d Sekarang